Особенно велика роль иммунизации в системе защиты войск от действия оружия массового поражения. 
Иммунизация должна обеспечить надежную защиту в случае применения противником биологического оружия, когда чрезвычайно большое значение приобретает аэрогенный путь инфицирования. В этих условиях иммунизация следует проводить преимущественно методами, которые, не снижая эффективности и не повышая реактогенности прививок, позволяли бы осуществить в кратчайший срок массовую вакцинацию личного состава войск (экспрессные методы массовой иммунизации — эитеральный, аэрозольныйи др.).
Применяемые для иммунизации препараты подразделяют на следующие категории:
1) живые вакцины, получаемые из штаммов микробов с наследственно закрепленной ослабленной вирулентностью (напр., чумная вакцина из штамма ЕВ, бруцеллезная — из штамма 19ВА и др.);
2) убитые корпускулярные вакцины — взвесь инактивированных тем или иным способом микробов (напр., тифо-паратифозная вакцина ТАБ);
3) химические вакцины — антигенные вещества, извлеченные тем или иным способом из микробных клеток;
4) анатоксины—обезвреженные экзотоксины, образуемые некоторыми микроорганизмами (напр., дифтерийный анатоксин, столбнячный анатоксин и др.);
5) антимикробные и антитоксические сыворотки и гамма-глобулины.
Энтеральный метод — введение иммунизирующего материала через рот (предложен А. М. Безредкой для вакцинации против кишечных инфекций) — применяют для иммунизации против полиомиелита живой вакциной . Разрабатывается энтеральный метод вакцинации против кишечных и некоторых других инфекций (Ку-лихорадка), Интраназальный метод введения иммунизирующего материала применяют при противогриппозной вакцинации, профилактическом и лечебном применении противогриппозной сыворотки. В стадии апробации находится метод использовании аэрозолей вакцинных препаратов (живые вакцины против зоонозов и гриппа, анатоксины, брюшнотифозный антиген), вводимых в организм вместе с вдыхаемый воздухом (аэрогенная, или ингаляционная, вакцинация).
Разрабатывается метод вакцинации, основанный на принципе струйной инъекции (введение иммунизирующего материала через неповрежденную кожу струей под большим давлением).