Столь же неоправданным было и противопоставление мутационной теории дарвинизму как эволюционной теории, якобы построенной на отборе только мелких вариаций типа количественных флюктуации. В действительности Дарвин привел огромное количество примеров внезапной, скачкообразной, изменчивость , обозначаемой им терминами «спорты» и «почковые вариации». В своем сочинении «Изменение животных и растений в домашнем состоянии» он отводил место отбору крупных качественных уклонений наравне с мелкими количественными.
Противопоставление мутационной теории дарвинизму могло быть, таким образом, только следствием недооценки этих данных и взглядов Дарвина, а также упрощенного и ошибочного отнесения к мутациям лишь узкой категории очень крупных наследственных изменений. По мере углубления знаний о распространенности и характере мутационной наследственной изменчивости эти противоречия были сняты. Существование скачкообразной наследственной изменчивости вскоре было подтверждено — мутации были найдены всюду, куда бы ни обращалось внимание исследователей.
Принципиально важным критерием классификации изменений является вовсе не их масштаб или характер внешнего проявления, а причинная обусловленность и наследуемость. С этой точки зрения следует четко разграничить две основные категории изменчивости: наследственную и ненаследственную.
Наследственная изменчивость обусловлена изменениями элементарных клеточных структур, воспроизведение которых определяет устойчивость организации в ряду последовательных поколений. Хотя в процессах наследования и соответственно наследственной изменчивости известное значение имеют репродуцирующиеся элементы цитоплазмы, ведущую роль здесь играют элементарные структуры клеточного ядра, представленные видо-специфичными нуклеопротеидами хромосом, составляющими наследственную основу, или генотип, организма.
Их скачкообразная (мутационная) изменчивость получила название изменчивости генотипической. Меняя наследственную конституцию, генотипические изменения меняют тем самым характер развития признаков в данных условиях внешней среды, вносят изменения в так называемую наследственную норму реакции живой системы.